A Sede do Futebol Clube São Francisco fica situada em São Francisco, na Rua Dr. Egas Moniz, freguesia do Concelho de Alcochete, distrito de Setúbal.
Utiliza maioritáriamente os pavihões municipais de Alchete e Samouco para os seus treinos e jogos.
Na sede, situa-se o Dojo da Modalidade de Jujutsu.